Rodrigues a Garupe dostanú správu, že ich učiteľ Ferreira sa v Japonsku zriekol kresťanskej viery. Dvaja portugalskí jezuiti tomu odmietajú veriť a v 17. storočí tajne vstúpia do krajiny, kde sú kresťania prenasledovaní a misionári čelia mučeniu aj smrti.
Martin Scorsese nesleduje iba pátranie po nezvestnom mentorovi. Rodrigues postupne sleduje, čo jeho prítomnosť znamená pre japonských veriacich, ktorí riskujú život už tým, že sa s kňazom stretnú. Viera sa tak dostáva do konfliktu s otázkou zodpovednosti za utrpenie iných.
Viera pod tlakom, ktorý nemá jednoduché riešenie
Andrew Garfield hrá Rodriguesa, Adam Driver Garupeho a Liam Neeson Ferreiru. Stretnutie s japonskou mocou však z filmu nerobí jednoduchý konflikt hrdinov a zloduchov. Postavy sa ocitajú v situáciách, kde každé rozhodnutie nesie morálnu cenu.
Významnú úlohu má aj tlmočník a miestni úradníci, ktorí Rodriguesovi vysvetľujú, že ich cieľom nie je iba potrestať jednotlivého kňaza. Chcú zlomiť samotný vplyv kresťanstva na komunity. Tým sa osobná skúška viery mení na konflikt s celým systémom prenasledovania.
Mlčanie je preto príbehom o viere skúšanej nie iba násilím, ale aj absenciou jasnej odpovede. Rodrigues chce vedieť, čo by mal urobiť správny veriaci; čím dlhšie zostáva v Japonsku, tým menej jednoduchá táto otázka je.
